Zakład Hydrogeologii powołany został w roku 1970 pod kierunkiem doc. dr hab. Michała Różyckiego. W latach 1978-1980 pracami zakładu kierował prof. Janusz Bieniewski, a od roku 1980 prof. dr hab. inż. Tatiana Bocheńska.
Prace badawcze Zakładu Hydrogeologii skupiają się nad występowaniem wód podziemnych w formacjach skalnych Dolnego Śląska, jakością wód podziemnych ich kartografią i ochroną. Szczególne miejsce zajmują dokumentowanie zasobów wód podziemnych oraz zmiany warunków hydrogeologicznych pod wpływem działalności człowieka (górnictwo, eksploatacja wód podziemnych). Obok badań hydrogeologicznych prowadzone są prace i badania geologiczno-inżynierskie. Wyniki hydrogeologicznych badań regionalnych oraz metodyka ich prowadzenia pozwoliły na wypracowanie dość obszernej wiedzy podstawowej odnośnie wodonośności skał osadowych, krystalicznych i krasowych na Dolnym Śląsku, parametrów hydrogeologicznych skał porowatych, okruchowych i w różnym stopniu zdiagenezowanych, oraz roli poszczególnych składników przyrodniczego bilansu wodnego w kształtowaniu zasobów wód podziemnych a także ocen ilościowych w zakresie czasu i rozmiaru przestrzennych procesów hydrochemicznych i hydrodynamicznych zachodzących w środowisku skalnym. Efektem tych badań są liczne publikacje w postaci monografii, map i artykułów w czasopismach naukowych.
Powstały prace opisujące zasoby wodne i ich jakość w Sudetach, na Opolszczyźnie, w Lubińsko – Głogowskim Okręgu Miedziowym, mapy hydrogeologiczne Głównych Zbiorników Wód Podziemnych Dolnego Śląska i szczegółowe badania w dolinie Odry. Pracownicy Zakładu prowadzą współpracę naukową z ośrodkami naukowymi w Uniwersytetach w Pradze (Czechy), Sankt Petersburgu (Rosja), Bohum (Niemcy), Limoges (Francja).
W Zakładzie Hydrogeologii 27 pracowników uzyskało stopnie doktorskie, a 10 osób habilitowało się.
Zajęcia dydaktyczne na specjalizacji hydrogeologicznej dla studentów prowadzone są od roku akademickiego 1975/76. Wykłady w Zakładzie prowadzili między innymi profesorowie: Cyryl Kolago, Jan Malinowski, Andrzej Karol Teisseyre, Stanisław Dmitruk i Jan Przybyłek. Około 30% studentów geologii pisze prace magisterskie na tej specjalizacji. W latach 1970-2000 ponad 390 studentów hydrogeologii obroniło prace magisterskie.
Od kwietnia 2000 roku istniejący dotychczas Zakład Hydrogeologii podzielił się na dwa: Zakład Hydrogeologii Podstawowej kierowany przez prof. Stanisława Staśko i Zakład Hydrogeologii Stosowanej – kierowany przez prof. dr hab. inż. Tatianę Bocheńską. Od maja 2004 roku, po śmierci prof. Bocheńskiej, obowiązki kierownika Zakładu Hydrogeologii Stosowanej przejął dr Henryk Marszałek.
Obecnie, zajęcia dla studentów specjalizacji hydrogeologicznej oraz dla studentów studiów I i II stopnia na kierunkach geologia, ochrona środowiska i inżynieria geologiczna prowadzi 5 pracowników naukowo-dydaktycznych. Obronione w ostatnich latach prace doktorskie w Zakładzie Hydrogeologii Stosowanej to rozprawy dr. Michała Rysiukiewicza, dr Agaty Mickiewicz, dr Agaty Korwin-Piotrowskiej oraz dr. Piotra Pezowicza.